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| El pangenoma humano representa una colección de secuencias genéticas de una diversa cohorte de personas. Fuente: Gideon Mendel/Corbis vía Getty |
Los investigadores publican los resultados preliminares de un esfuerzo en curso para capturar la totalidad de la variación genética humana.
11 mayo 2023.- Más de 20 años después de que se publicara el primer borrador del genoma del histórico Proyecto Genoma Humano, los investigadores publicaron un borrador del "pangenoma" humano: una instantánea de lo que está a punto de convertirse en una nueva referencia para la investigación genética que captura más de la diversidad humana de lo que ha sido hasta ahora. estado previamente disponible. Los genetistas dieron la bienvenida al hito, al tiempo que destacaron las consideraciones éticas clave que rodean el esfuerzo por hacer que la investigación del genoma sea más inclusiva.
El borrador del genoma, publicado en Nature el 10 de mayo , fue producido por el Consorcio de Referencia del Pangenoma Humano. Lanzado en 2019, el proyecto internacional tiene como objetivo mapear la totalidad de la variación genética humana, para crear una referencia integral contra la cual los genetistas podrán comparar otras secuencias. Tal referencia ayudaría a los estudios que investigan los posibles vínculos entre los genes y la enfermedad.
El borrador del pangenoma sigue a la publicación en 2022 de la primera secuencia completa del genoma humano 2 , que llenó los vacíos que había dejado el Proyecto Genoma Humano original. Pero a diferencia del borrador original del genoma humano y su sucesor, los cuales se derivaron principalmente del ADN de una sola persona, el borrador del pangenoma representa una colección de secuencias de una selección diversa de 47 personas de todo el mundo, incluidas personas de África, las Américas, Asia y Europa.
Mapa del perfil genético
Eimear Kenny, genetista de la Escuela de Medicina Icahn en Mount Sinai en la ciudad de Nueva York, y sus colegas alinearon todas estas secuencias computacionalmente para formar un 'gráfico de pangenoma', conceptualmente similar a un mapa del metro de Londres, en el que las rutas de ramificación indican variación genética.
Los investigadores descubrieron que el pangenoma les permitió identificar el doble de variantes estructurales (grandes alteraciones genómicas, como duplicaciones o eliminaciones de genes) por persona de lo que es posible utilizando el genoma de referencia lineal original. El equipo tiene como objetivo analizar secuencias de 350 personas para mediados de 2024.
Muchas de las muestras que se analizan son de personas que participaron en el Proyecto 1000 Genomas, un esfuerzo de secuenciación iniciado en 2008 para mapear la variación genética en 26 poblaciones diversas. El consorcio pangenome está descongelando y volviendo a analizar las muestras de ADN congeladas de los participantes utilizando una técnica más detallada llamada "secuenciación de lectura larga". Esto analiza secciones más largas de ADN a la vez en comparación con métodos de secuenciación más antiguos y puede distinguir entre pares de cromosomas de la misma persona.
Los formularios de consentimiento firmados por los participantes en el momento del Proyecto 1000 Genomas cubren el nuevo análisis de sus muestras y, durante una conferencia de prensa, investigadores del consorcio pangenome dijeron que el proyecto estaba tomando medidas adicionales para garantizar la recolección y el uso éticos de los datos genéticos. Por ejemplo, el consorcio se ha comprometido a no incluir a personas que sean miembros de tribus indígenas u otros grupos que tengan políticas formales que impidan la contribución de muestras.
Consideraciones éticas
Sin embargo, a algunos investigadores, les preocupa que el proyecto corra el riesgo de repetir prácticas éticamente cuestionables de otros proyectos de diversidad genética a gran escala.
Por ejemplo, el Proyecto de Diversidad del Genoma Humano en la década de 1990 y el Programa de Investigación All of Us en curso recibieron críticas, incluso de tribus con base en los EE.UU., por no involucrarse lo suficiente con los miembros de las comunidades cuyo ADN estaban tomando muestras. Entre ellos se incluían personas pertenecientes a grupos marginados, por lo general subrepresentados en la investigación genética humana.
Preocupa que los datos del Proyecto de Referencia del Pangenoma Humano, que está financiado por los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU., puedan ser utilizados por la industria farmacéutica con fines comerciales, como ha sucedido en el pasado, sin beneficios tangibles para los participantes del estudio o sus comunidades.
Revisión del consentimiento
Latifa Jackson, genetista de la Universidad de Howard en Washington DC, señala que el Proyecto 1000 Genomas se basó en parte en muestras recolectadas muchos años antes de su lanzamiento. “Me preocupa que muchas de las ubicaciones del pangenoma participantes tengan muestras que se recolectaron en la década de 1980 bajo estructuras políticas y sociales muy diferentes”, dice. "Necesitamos revisar las ideas de consentimiento, especialmente para las muestras recolectadas hace 30 o 40 años bajo estructuras de poder muy diferentes".
Los científicos reconocen que este trabajo está a la vanguardia de la investigación genómica y tiene características específicas, incluido el acceso abierto a los datos, que merecen una gran consideración, y que las aplicaciones pueden generar problemas éticos, legales y sociales.
"No solo nos basamos en nuestra propia experiencia, sino que también nos basamos en el trabajo de académicos y organizaciones de todo el mundo, para ser conscientes de las muchas trampas y revisar sistemáticamente otros esfuerzos para obtener lecciones aprendidas, que podemos incorporar a esta nueva iniciativa".
El consorcio pangenome espera reclutar nuevos participantes en el estudio como parte de su esfuerzo por maximizar la diversidad entre los 350 genomas planificados. Estos incluirán participantes obtenidos “a través de un gran sistema de salud en una ciudad urbana como Nueva York, que tiene gente de casi todos los países del mundo a través de procesos de diáspora y migración.
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